El Cuzco fue el centro del culto estatal al Sol, sede del templo principal de la religión solar, el Coricancha (en castellano) o Qurikancha (quechua: recinto de oro), poseyendo el principal Aqllawasi o casa de las escogidas del sol, y las sedes de los clanes funerarios de los distintos emperadores muertos o Panakas, siendo además el lugar de residencia habitual del Inca gobernante, un dios viviente, y del alto clero estatal, representado por el Willka umu o sumo sacerdote. El Cuzco acogía las grandes ceremonias multitudinarias y festividades imperiales, como el Inti Raymi o Fiesta del Sol que sigue teniendo lugar durante el solsticio de invierno -el año nuevo solar- la cual se celebra todos los 24 de junio en la explanada de Sacsayhuamán.
Actualmente la mayor parte de la población pertenece a la Iglesia Católica, siendo Cuzco sede arzobispal.